Około 1560 roku Rafał Leszczyński przekazał kościół farny p.w. św. Mikołaja braciom czeskim, który służył im ponad 80 lat. Gdy wyrokiem trybunału Jednota została zmuszona do zwrotu świątyni katolikom, Bogusław I wydał przywilej na budowę nowego kościoła. Budynek postawiony manifestacyjnie w stylu gotyckim w latach 1652–1654 podkreślał odrębność od sztuki baroku, wiążącej się z wskazaniami soboru trydenckiego. Surowe wnętrze kościoła przełamuje barokowa ambona ufundowana przez szlacheckiego parafianina-patrona Aleksandra Żychlińskiego oraz emblematyczne malowidła na sklepieniu. Te barokowe elementy wystroju pochodzą z czasu odbudowy po pożarze 1707 roku. Godnie z zasadami Jednoty wyposażenie świątyni było ubogie i stanowiły je stół nakryty suknem, kazalnica z klepsydrą, czasem pulpit, tablica do zapisywania numerów psalmów, ławki, skarbona na ofiary. Do rozpraszania mroku służyły świecie, którym nie przypisywano symbolicznej wartości. Krzyż pojawił się w świątyni dopiero w 1837 roku.
Z 1711 roku pochodzi kaplica grobowa projektu Pompeo Ferrariego, wybudowana na zlecenie Wojciecha Gruszczyńskiego.